هي الارتقاء والتميز بنوعية التعليم الزراعي بالكلية ليحقق رسالة جامعة الفرات نحو التميز والريادة في التدريس والبحث العلمي وخدمة المجتمع في المجالات الزراعية المختلفة , مع تعزيز قدرة الطالب على التعلم الذاتي والبحث العلمي التطبيقي لتكون الكلية مصدراً للكفاءات من الخريجين والباحثين القادرين على المنافسة إقليمياً وعالمياً ومؤهلة لمسايرة حاجات سوق العمل ومساهمين في تحقيق التنمية الزراعية المستدامة والأمن الغذائي ومركزاً للإشعاع العلمي والتقني ليخدم القطاع الزراعي في الجمهورية العربية السورية
يختص بدراسة فعالية المبيدات وطرق استخدامها الآمنة، وتحليل تراكيزها وتأثيرها على الآفات والنبات والبيئة
يعنى بتشخيص الحشرات النافعة والضارة، ودراسة بيولوجيا النحل وإنتاجه، وتطوير أساليب إدارة ومكافحة الآفات
يُعنى بتشخيص الأمراض النباتية الفطرية والبكتيرية والفيروسية وتحليل مسبباتها ووضع توصيات للحد من انتشارها
يختص بدراسة تغذية ورعاية الحيوانات المجترة وتحليل الأعلاف وتقييم كفاءة الإنتاج
يعنى بفزيولوجيا الحيوان وقياس المؤشرات المرتبطة بالنمو والإنتاج والصحة الحيوانية
متخصص بدراسة أمراض وتغذية وإدارة الدواجن وتحليل جودة البيض واللحوم.
يعنى بدراسة إنتاج الفواكه والخضر ونباتات الزينة، وتطوير التقنيات الزراعية لتحسين المحاصيل البستانية
مخصص لإكثار النباتات مخبريًا عبر زراعة الأنسجة لإنتاج شتلات خالية من الأمراض وبمواصفات عالية.
يعالج دراسة المحاصيل الحقلية من حيث الإنتاجية والصفات الزراعية، وإجراء التجارب المتعلقة بالبذور والتربة
يعنى بتجارب الري والصرف والهيدروليك وتصميم النظم الزراعية وتحليل منشآت الهندسة الريفية
يعالج التحاليل الأساسية للمواد الغذائية مثل الرطوبة، البروتين، الدهون، والرماد
مخصص للتحاليل الميكروبيولوجية للكشف عن سلامة الأغذية وجودتها.
يعنى باختبارات التصنيع الغذائي وتطوير المنتجات وتقنيات الحفظ المختلفة.
يختص بتحليل خواص التربة الكيميائية والفيزيائية وتقييم خصوبتها وتحديد احتياجاتها من الأسمدة
يعالج دراسة الملوثات البيئية وجودة المياه والهواء والتربة، إضافة إلى تقييم الأثر البيئي للأنشطة الزراعية