مهام مديرية الرقابة الداخلية
1-التقاير التي تطلب منها بإحالة من السيد الاستاذ الدكتور رئيس جامعة الفرات 
2-إعداد التقارير التي تقوم الهيئة المركزية  للرقابة والتفتيش بتفويض الرقابة الداخلية منها والمشاركة مع مفتيشين الهيئة المركزية للرقابة والتفتيش والقيام بإعداد تقارير بناءً على طلب رئيس الهيئة المركزية.
3-تقوم مديرية الرقابة الداخلية بمتابعة تنفيذ المقترحات لكافة التقاير وإرسالها إلى كافة الحهات المعنية لجميع التقارير المعدة سواء من مفتشين الهيئة المركزية للرقابة والتفتيش.
4-القيام بجولات ومراقبة عامة لكافة الكليات أثناء الفصول الامتحانية ووضع رئاسة الجامعة بكافة الأجراء ات الواقعة عليه أثناء مجريات التقدم للامتحانات ومراقبة إلتزام العاملين بالمراقبات وكذلك أعضاء الهيئة التدريسية.
5-متابعة تنفيذ المقترحات المرسلة إلى المحاكم بكافة أنواعها سواء المرسلة إلى القصر العدلي أو المحاكم المسلكية والتخاطب معهم بكافة القضايا المحالو بالتنسيق مع مديرية الشؤون القانونية.
6-الوقوف على أي مخالفة في المديريات أو الكليات وتبليغ رئاسة الجامعة بها.
7- تنفيذ كل ما يطلب من مديرة الرقابة الداخلية .