تتجسد رسالة كلية الطب البيطري في إعداد كوادر علمية متخصصة في الطب البيطري قادرة على تلبية احتياجات المجتمع والمنافسة محلياً وإقليمياً ودولياً وذلك من خلال اعتماد مناهج وبرامج تعليمية تتلاءم مع روح العصر والحداثة ، وتعتمد على المعارف العلمية المختلفة والمهارات العملية والفنية والبحث العلمي.
تتمثل أهداف كلية الطب البيطري في أداء دورها ضمن القطاع الجامعي في سوريا بما يلي:
1 – توفير بيئة أكاديمية عالية الجودة داعمة للابتكار والإبداع.
2 - تحقيق أهداف ومخرجات علمية متخصصة تفي بحاجة سوق العمل وقادرة على المنافسة محلياً وعربياً ودولياً .
3 – دعم وتوثيق الروابط العلمية مع كليات الطب البيطري والمؤسسات العلمية المعنية بالثروة الحيوانية.
4 – الارتقاء بالدراسات والبحوث العلمية والتطبيقية في مختلف مجالات الطب البيطري.
5 – التنمية المستدامة لأعضاء الهيئة الإدارية والتدريسية والفنية وفق معايير الجودة المعتمدة محلياً وعالمياً.
6 – تفعيل دور الكلية في مجال المشاركة المجتمعية وتنمية البيئة المحلية.