تهدف الرقابة الداخلية إلى الكشف عن مواطن الخلل والهدر والقصور والأخطاء، واقتراح ما يلزم بشأن معالجتها ومساعدة الهيئة المركزية للرقابة والتفتيش في أداء مهماتها وفق قانون الهيئة ونظامها الداخلي.