أحدثت كلية الزراعة بدير الزور تحت مسمى كلية الزراعة الثانية بدير الزور بموجب المرسوم التشريعي رقم /2693/ تاريخ 13/7/1977 وكانت تتبع لجامعة حلب وبعد إحداث جامعة الفرات عام 2006 أصبحت تتبع لجامعة الفرات .